1. Konica: konica akvarelnega peresa je na splošno okrogla, medtem ko je konica flomastra ravna, ki je razdeljena na vlaknasto konico in penasto konico.
2. Črnilo: markerji so na vodni, oljni in alkoholni osnovi, medtem ko imajo akvarelna peresa samo eno vrsto na vodni osnovi.
3. Barvanje: Akvarelna pisala ne morejo zlagati barv, markerji pa lahko zlagajo barve. Markerje je lažje barvati kot akvarelna pisala.
4. Uporaba: Prednost akvarelnega peresa je, da ima dovolj vode, barva je bogata in svetla, slabost pa je, da je voda neenakomerna, prehod je nenaraven in obeh barv ni enostavno uskladiti skupaj, zato na splošno je primeren za otroške slike, lahko pa se uporablja tudi kot marker.
Prednost markerja je, da je voda enakomerna, slabost pa, da je barvni kontrast šibkejši, vendar se lahko dobro uskladita skupaj in lahko rišeta arhitekturne upodobitve in upodobitve industrijskega oblikovanja.
