Nekateri trajni markerji so vodoodporni, odvisno predvsem od črnila in materiala ohišja peresa.
Na splošno imajo markerji, oblikovani s posebnimi črnili na oljni osnovi, boljšo vodoodpornost. Tudi pri uporabi v mokrem ali deževnem okolju napisanega besedila voda ne bo zlahka razredčila ali zameglila. Zato je za ljudi, ki morajo markerje uporabljati na prostem ali v vlažnem okolju, zelo pomembno, da izberejo markerje, ki so vodoodporni.
Poleg tega lahko material ohišja peresa vpliva tudi na vodoodpornost markerja. Ohišje nekaterih markerjev je izdelano iz polimernega materiala, ki ima določene vodoodporne lastnosti in lahko dodatno zaščiti črnilo pred vlago.
Vendar niso vsi trajni markerji vodoodporni. Nekateri markerji s črnili na vodni osnovi so lahko pod delovanjem vode videti zbledeli ali zamegljeni. Zato naj potrošniki pri nakupu markerja izberejo marker z vodoodporno funkcijo glede na svoje potrebe in natančno preverijo opis izdelka ali prosijo prodajalca, da potrdi vodoodpornost.
